Vier Schildkrötenbrüder entdecken eine mystische Welt unter den Straßen New Yorks und müssen lernen, zusammenzuarbeiten, um Gefahren zu trotzen. Ratte Splinter und die junge April O'Neil helfen. Das mutierte Seepferdchen Mustang Sally hat vor, die Stadt zu fluten – und das einzigen, die sich ihm in den Weg stellen, sind Leo und Pigeon Pete. Der Anführer zu sein ist nicht alles, worauf es ankommt.