Vier Schildkrötenbrüder entdecken eine mystische Welt unter den Straßen New York Citys und müssen lernen, zusammenzuarbeiten, um Gefahren zu trotzen. Die drei vom East River stehen ganz kurz vor dem Sieg. The Turtles und die Mutanimals müssen sich zusammentun, um sie zu stoppen, doch nicht alles ist wie es scheint. Worum handelt es sich bei der "Perle" und warum will Goldfin sie haben?