Um das Geheimnis um die versunkene Stadt Atlantis zu lüften, macht MacGyver sich gemeinsam mit seinem ehemaligen Professor Atticus und der Archäologin Kelly auf den Weg dorthin. Unterwegs wird ihnen jedoch ein Stein nach dem anderen in den Weg gelegt und den dreien wird bewusst, dass ihnen jemand dicht auf den Fersen ist. Atticus verhält sich jedoch immer eigenartiger, sodass MacGyver schließlich beginnt, ihm zu misstrauen und vermutet, dass Atticus in Wahrheit ganz andere Absichten hat, als er vorgibt...

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